广州桓乐海洋研究院与广州桓乐生态环境科技有限公司是两个机构一个团队，在承接生态调查与技术咨询等市场业务时，对外使用广州桓乐生态环境科技有限公司，在承接科研合作项目与科普教育等公益性活动时，对外使用广州桓乐海洋研究院。公司实行扁平化管理，不设副职，二级部门直接向总经理负责。公司设有行政与支撑部，技术与创新部，质控与资质部，外业与市场部等4个职能部门。行政与支撑部负责公司的人事、财务、审计、统计、归档以及后勤等日常行政服务性事务；技术与创新部负责公司技术体系建设与创新能力建设，负责实验室的日常运行与技术管理；质控与资质部负责公司资质维护与质量控制工作，负责实验室的能力建设与质量监督管理；外业与市场部负责公司市场营销以及品牌建设，协助实验室完成外业调查采样。